1. Biologiczne usuwanie rtęci ze skażonych gruntów i ścieków na drodze biotransformacji przy użyciu bakterii
2. Usuwanie metali ciężkich ze skażonych gleb i gruntów metodą biosorpcji i bioługowania
3. Zastosowanie metod zaawansowanego utleniania do usuwania ksenobiotyków w ściekach przemysłowych
4. Termochemiczne przetwarzanie odpadów komunalnych i osadów ściekowych
5. Biodegradacja ścieków przemysłowych (przemysł włókienniczy, mleczarski)
6. Integracja procesów biologicznych
7. Rekultywacja i inertyzacja starych składowisk
8. Badania toksyczności wody i ścieków
9. Matematyczne modelowanie procesów unieszkodliwiania odpadów
1. Doskonalenie procesu otrzymywania bioproduktów w celu zminimalizowania uciążliwych odpadów
2. Zastosowanie wymiany jonowej do separacji i oczyszczania kwasów organicznych
3. Badania procesu filtracji i mikrofiltracji biomasy
4. Bioprocesy zintegrowane z separacją produktów wraz z ich oczyszczaniem metodami niekonwencjonalnymi
5. Inżynieria morfologii grzybów strzępkowych
6. Modelowanie i doskonalenie urządzeń mieszająco-napowietrzających w bioreaktorach
7. Zastosowanie cyfrowej analizy do badania morfologii i fizjologii grzybów strzępkowych
8. Kinetyka, modelowanie i optymalizacja bioprocesów: biosynteza kwasu cytrynowego, lakazy, lowastatytny
9. Biosynteza metabolitów wtórnych w kokulturach grzybów strzępkowych i promieniowców
10. Fotobiosynteza i oczyszczanie fikocyjaniny
11. Procesy konwersji gazu syntezowego